III. Mehmed devri vezriazamlarından Hadım Hasan Paşa tarafından, 1595-1596 veya 1597-1598'de yaptırılmıştır. Muhtemelen Hassa Mimarbaşı Davud Ağa'nın eseri olan ve küçük bir külliye hüviyeti sergileyen bu yapı topluluğunda, medrese binasının ilk katında dükkanlar, sebil ve çeşme, üst katında ise mescid olarak da kullanılan dershane ve talebe hücreleri vardır. Evliya Çelebi'nin büyük bir yapı olarak tasvir ettiği bina, 1830'larda bir tamir görmüştür. 1865'teki Hocapaşa yangınında ağır hasar gördüğü tahmin edilen binanın kuzey köşesi, yangından kısa bir süre sonra Hilal-i Ahmer Caddesi'nin açılması sırasında yıktırılmıştır. Kaynaklarda, Hadım Hasan Paşa'nın çeşme ve sebilin içinde bulunduğu söylenen mezarı da bu sırada başka yere nakledilmiştir.
Alemdar Mahallesi 35 ada 9-10 parselde yer alan medrese oldukça harap durumdadır. Medresenin restorasyon çalışmalarına İl Özel İdaresinden katkı sağlanarak, onaylı projeler doğrultusunda 2009 yılı sonunda başlanmıştır.Restorasyon çalışması devam etmektedir.